De Morgenster staat voor de veiligheid onder toezicht van register Holland en de Nederlandse Scheepvaart Inspectie.

Ze vaart met 2 veiligheidscertificaten:

• Special Purpose Ship als zeil training schip tot 36 trainees met wereldwijd vaargebied.
• EU 98/18 als passagiersschip voor dagtochten tot 12 mijl op zee met maximaal 90 passagiers.

Naast een uitgebreide veiligheidsuitrusting is er veel aandacht besteed aan de brandveiligheid:

• Er is veel isolatiemateriaal aangebracht om veilige evacuatie te waarborgen.
• De motorkamer heeft een blusgas installatie.
• De overige accommodatie is beschermd met een sprinkler installatie.
• De gehele betimmering met deuren en al bestaat uit onbrandbaar materiaal.